根據國務院發布的鐵道部分拆議案，鐵道部將一分為二。將擬訂鐵路發展規劃的部門劃入交通運輸部；組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責，負責鐵路運輸統一調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔專運、特運任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任等。
資料顯示，截至2012年三季度，鐵道部資產為4.3萬億元，負債2.66萬億元，資產負債率為61.81%。此前有分析師表示，鐵道部的還債高峰將從2014年開始。此前每年鐵道部主要麵臨利息支出壓力，從今年起鐵道部也要陸續償還本金。
該分析師還稱，值得擔憂的是，即將進入還債高峰期的同時，鐵道部的盈利狀況不僅沒有好轉，反而有所下降。數據顯示，2009年，鐵道部稅後利潤尚有27.43億元；2010年，稅後利潤暴跌至1500萬元；到2011年仍隻有3100萬元；截至2012年第三季度，鐵道部甚至淨虧85.41億元。
同時鐵道部也是中國最大的企業債券發行部門，鐵道部在2012年發行的債券達到了1640億元。此前為了刺激經濟增長，中國政府加大了對鐵路的投資，中國鐵道路欠下了高額的債務。
現年63歲的盛光祖是在2011年劉誌軍案後被任命為鐵道部部長，在公布鐵道部將被撤消後，有記者問“作為末任鐵道部長是否感到遺憾”，盛光祖說：“我當不當部長沒有關係，關鍵是鐵路要發展好。”
對於輿論廣泛關心的鐵道部債務問題，盛光祖表示，應該區分公益性債務和經營性債務，按照有關政策法規認真研究，妥善解決。
同時盛光祖也否認了大部製改革後鐵路投資將受到影響的說法，他說：“實行大部製管理以後，全國的各種交通運輸方式，包括鐵路、公路、水路、民航，都可以統一規劃，能夠形成整體合力，中國的綜合交通運輸能力會有很大的提高。對於鐵路本身而言，未來可以發揮自身運量大、低排放等優勢，得到很好的發展。”
政企分開是此次機構改革的要義之一，旨在解決鐵路部門長期以來“既當運動員、又當裁判員”的弊端。盛光祖認為，鐵路政企分開以後，可以研究市場經濟的規律，提供更好的服務，也能取得更大的發展空間。
