雖然地方政府對城際鐵路建設一直有較高積極性，但受製於資金問題，我國城際鐵路建設正走向低穀。“今年地方政府上報的城際鐵路規劃不多，截至目前，我們也還沒審批新的城際鐵路規劃。”國家發改委基礎產業司副處長崔鵬對記者表示，雖然現在還沒有明確的文件出來，但原來城際鐵路的建設是以鐵道部和地方政府聯合上報為主，現在則主要是以地方政府上報為主。
工程院院士、中鐵隧道集團副總工程師王夢恕表示，目前各個省市都有建設城際鐵路的衝動，鐵道部也有意下放城際鐵路建設主導權，即在城際鐵路的建設中不再謀求控股地位，但這個口子也不會全開，因為有些地方政府目前尚不具備開工建設的資金能力。據記者了解，在已開工建設和已開通運營的城際鐵路中，鐵道部基本上都處於控股地位，如在寧安城際鐵路中，鐵道部占50%，皖蘇兩省共占50%；在青榮城際鐵路建設中，鐵道部出資占70%。
現實的情況是，即使鐵道部下放城際鐵路建設主導權，地方政府想建設城際鐵路也是“有心無錢”。
一方麵，一些地方政府仍在積極籌劃城際鐵路建設。成資瀘城際鐵路和福建沿海城際鐵路仍在積極規劃當中，廈泉漳龍城際軌道也已經進入線網規劃、選線及換乘樞紐方案論證階段。《四川省“十二五”綜合交通建設規劃》提出，“十二五”期間四川將建成成綿樂城際鐵路、綿遂內自宜城際鐵路，開工建設樂山至自貢至瀘州、宜賓至瀘州城際鐵路。
另一方麵，地方政府籌建城際鐵路大多麵對資金瓶頸。據記者了解，去年多個省份未能完成鐵路基建的年度計劃，並且今年地方政府在鐵路基建上的投資有進一步下降的趨勢。
據媒體公開報道，去年江蘇省鐵路建設計劃投資400億元，實際完成96億元，僅占計劃的24%。2012年江蘇省鐵路投資為150億元，較去年400億元的年度計劃也縮減了六成多。福建2011年在建鐵路完成工程投資230億元，而2012年福建省鐵路建設投資安排資金210億元。原計劃2012年建成通車的成綿樂城際鐵路，目前部分路段的施工還在艱難複工中。
此外，因融資出現困難，一些城際鐵路的建設步伐已經放緩。計劃2011年正式通車的武黃城際鐵路、武鹹城際鐵路，開通時間推至今年年底。
“原來在城際鐵路的建設中，鐵道部占控股地位、出資多，地方政府跟進的速度也比較快。現在城際鐵路建設‘蔫下來’了，即使讓地方控股，很多省份也不願意跟進。”發改委綜合運輸研究所交通運輸技術發展研究中心主任郭文龍對記者表示，高鐵和城際鐵路是鐵道部鐵路基建的重心，現在鐵道部資金非常緊張，隻能保障重點項目，所以鐵道部對城際鐵路有所放權，也不要求控股，雖然目前城際鐵路中的建設主導權和運營主導權問題還不清晰，有資金保障的話可以允許地方政府建設城際鐵路，但是現在看來，地方政府是“有心無錢”。
崔鵬表示，去年以來地方各省市和鐵道部的資金都很緊，如果城際鐵路的建設以地方為主的話，地方政府將麵臨很大的壓力。為了解決資金問題，廣東在探索城際鐵路新的融資方式。廣東省於1月19日印發的《關於完善珠三角城際軌道交通沿線土地綜合開發機製意見》稱，將城際鐵路沿線開發規模分為紅線內開發用地規模和紅線外開發備選用地規模 ， 實行 “ 以地養路”，將城際鐵路沿線的開發收益用來彌補建設和營運的虧損。
“鐵道部放開城際鐵路建設主導權以後，城際鐵路的建設要找到解決資金的路徑，不解決資金問題，城際鐵路無法發展，地方自己也要想辦法解決資金問題，在投融資方式上有一些摸索 。 ” 崔鵬表示，對於城際鐵路的建設和發展，目前也正在尋找一個新的方向，除了政府投資以外，還要吸引民間投資，雖然目前在吸引民間資本方麵還有一些障礙。
最大障礙是城際鐵路的盈利能力差，讓民間資本望而卻步。郭文龍表示，目前開通運營的很多城際鐵路都不賺錢，城際鐵路投資又大、盈利能力差，這很難吸引民間資本進入。另外，城際鐵路還存在建設規格高的問題。城際鐵路的主要特點是大能力、多停站，而目前規劃的城際鐵路基本上都是按照高鐵標準進行規劃建設的，就是距離長、停站短，這不便於發揮城際鐵路的優勢。
