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高新技術企業研發費用科技成果轉化評價
（1）研發費用投入強度：在沒有可期的經濟效益或社會效益情況下，一般企業傾向於減少研發費用的發生，利用較低的研發成本獲得較高收益。例如獨立開發能力欠缺的情況下采取委托開發方式，前期采取跟隨戰略進行模仿（仿製藥），這些都是市場經濟下正常的行為，前提是符合相關政策法規。研發投入的高低能否證明企業的創新能力呢？顯然不是，例如研發投入分別為5元和10元，但產生的收益均為100元，那麽這兩種情況下，哪個更有價值？很顯然是投入5元產出100元更符合市場行為，但導入到高企指標中，5比100，與10比100，後者研發比例更高，反而得到優待，這樣的情形下我們需要重新考慮指標的合理性。
（2）研發投入產出的周期性：研究開發是一個驗證可行性的科學行為，麵臨較大的風險和不確定性，新產品的誕生初期以研究開發投入為主，當期並不會產生較大的收益，不同行業有不同的行業周期，一般在半年到五年之間不等，如軟件類可能在半年甚至更短，生物醫藥類可能在5年或更久，那麽在這種情況下，以研發費用占收入比例進行判定則有些偏頗，背離了政策具有引導性的初衷。
（3）研發費用構成：研究開發活動是為獲得科學與技術新知識，創造性運用科學技術新知識，或實質性改進技術、產品（服務）、工藝而持續進行的具有明確目標的活動。在這個活動中主要分為研究階段和開發階段，研究階段目的在於通過前期的市場調研、技術調研、產業分析等降低開發風險，提高效益，好的研究開發工作通常會在研究階段投入大量的人力物力和財力；開發階段主要涉及到材料投入、儀器設備無形資產攤銷、檢驗檢測調試費，以及直接相關的輔助費用，如谘詢費、知識產權費、會議費，知識產權中相關檢索費、分析評議費、代理費、訴訟費等與企業研究開發緊密相關的費用是否可以從其他費用中摘出來是值得考慮的。
（4）委托開發費用：由前文引出的開發方式，為了鼓勵企業開展多種形式的技術交流活動，應考慮取消“委托外部研究開發費用的實際發生額應按照獨立交易原則確定，按照實際發生額的80%計入委托方研發費用總額”內容，原因在於一鼓勵多種形式技術合作，多維度創新，二是便於財務核算及評價，引導研發投入。
4科技成果轉化評價
科技成果具有三層含義：通過研究開發所產生；具有實用價值；通過鑒定、驗收、評估、評價等路徑是成熟的結果，科技成果與、軟著等知識產權不能混同，一項科技成果可能是多項知識產權加以保護，工作指引中並未對此詳細闡述，導致技術專家在評價時不能準確判定。另外企業的核心在於獲得收益，而不能照搬《促進科技成果轉化法》中有關條款，應結合企業實際，根據不同行業屬性和不同規模進行分類評價，舉例如新藥類企業、農業深加工與軟件開發類企業對其成果轉化能力進行評價時就不能簡單用數量進行評價。由於本項在評分環節占據了30分，所以企業對此爭議很大，由於誤判而導致部分新興產業企業無法通過認定。
在新的認定辦法出來之前，征求意見稿中科技成果轉化能力為20分，組織管理水平為30分，筆者傾向於征求意見稿，因為隻有組織管理水平才是高新技術企業的核心，也是推動企業不斷提高管理能力的重要動力。企業不是所謂成果產生的主體，科技成果一詞多見於大學科研院所，對於企業而言既陌生又無法理解，認可度較差。既然前置的科技成果無法認可，那麽後麵所講轉化數量及轉化形式更是五花八門，導致很多爭議。設置此項是為了促進企業發展，而不是讓企業去做科技成果轉化，目的和手段的邏輯關係不能倒置，否則就是背離了政策初衷。